El Estandarte o Guión actual fue confeccionado en 2016 y diseñado por Marta Baile Muñoz (Hna. de la Cofradía).
Confeccionado en terciopelo marrón y filigrana en oro. En el centro se encuentra el emblema de la Cofradía y bajo él, la Cruz de Jerusalén. En el reverso, el nombre y la fecha de fundación de la Cofradía.
En la Semana Santa del 2023, se incorpora un nuevo Guión donado por fieles de la Real Iglesia Parroquial Castrense de San Fernando
Debido a que el Guión Titular quedo inutilizable tras mojarse por la lluvia en el acto del Pregón, dicho guión procesiono por primera vez el Martes Santo, adelantando su salida, la cual iba a ser en la Titular del Jueves Santo.
En la actualidad, el Guión Titular sigue en proceso de restauración.
El antiguo Estandarte se realizó en 1985.
De fondo blanco mostraba el Abrazo de San Francisco a Cristo Crucificado (pintura realizada por la Hna. Mª Carmen Martinez de Salinas) y en el reverso, anagrama de la Cofradía, nombre y fecha de fundación (bordados por las Hermanas Franciscanas de Barbastro).
