El origen se encuentra en los Hermanos Terciarios de la Venerable Orden Tercera (V.O.T.) de San Francisco de Asís, pertenecientes a las tres Ordenes establecidas canónicamente en Zaragoza (de Santa Catalina, de los P.P. Capuchinos de San Antonio de Torrero y de los P.P. Franciscanos del Arrabal).
La fundación de la Cofradía de la Crucifixión del Señor y de la Venerable Orden Tercera de San Francisco de Asís se remonta a marzo de 1952.
En abril de 1951 se registra en Acta de la VOT el permiso para la creación de la Cofradía de la Crucifixión.
<< … Acto seguido se procede a la designación de los hermanos D. Domingo Ara, D. Ramón Delgado y D. Antonio Martinez para que formen la Comisión que actúe en nombre de esta Hermandad y tramiten de acuerdo con las otras Hermandades de esta capital, la creación de una nueva Cofradía para asistir oficialmente a la procesión del Santo Entierro, debiendo los hermanos designados dar cuenta de sus gestiones por medio del Hermano Ministro.»>>
(Acta del Libro de la Orden Tercera de la Fraternidad San Antonio, 12-4-1951).
En principio, se crea sólo masculina invitando a las Hnas. Terciarias a que, ya que no pueden procesionar en el Santo Entierro, asistan a todos los demás actos que la Cofradía celebre. Así mismo, se les comunica que la Cofradía proyecta organizar un Vía Crucis Penitencial por las principales vías de la Ciudad, a cuyo acto se espera concurran todos los hermanos y hermanas.
En 1979, el Hermano Ministro le concede la independencia a la Cofradía para que funcione con una administración económica independiente pero con la espiritualidad, colaboración económica y subordinación a la Hermandad.
La fundación canónica se produjo con la aprobación de los estatutos por el Sr. Arzobispo D. Rigoberto Domenech, el 26 marzo de 1952.
Así mismo, en la Memoria que comprende las Actividades de 1952 de los Terciarios de la Fraternidad de San Antonio de Torrero, consta:
<< Se ha constituido en Zaragoza, a iniciativa y por el tesón de nuestra Orden, la Cofradía de la Crucifixión del Señor, formada exclusivamente con hermanos terciarios de la Capital, a la que pertenece la casi totalidad de los que componen esta V.O.T. y que ya concurrió en la pasada procesión del Santo Entierro del Día de Viernes Santo, vestidos con sus hábitos franciscanos, granjeándose la simpatía y respeto del público cristiano, que presenció su desfile por las calles del trayecto, acompañando al «paso de Jesús Crucificado» (Memoria de las Actividades… del año 1952) >>
<< Se constituye esta Cofradía «con el fin de rendir, mediante su asistencia a la procesión del Santo Entierro, testimonio público de la devoción de los hermanos a la Sagrada Pasión del Señor y Dolor de su Santísima Madre»… (Estatutos, art.1º) >>
En 1981, la procesión titular, que en principio era el Martes Santo, paso a ser el Jueves Santo a las 11.00 h que posteriormente se adelanto a las 10.00 h para recorrer el Barrio de Torrero. Así mismo, se impuso el tercerol ya que hasta este momento se procesionaba con la capucha del hábito.
A partir del Cincuentenario de la Cofradía, 2002, se recupera para el Jueves Santo la capucha, recuperándola finalmente para todas las procesiones en 2016.